‘Met antibiotica maak je álle bacteriën kapot, terwijl maar één bacterie vaak de boosdoener is’
Het microbioom van de Westerse mens raakt steeds verder uit balans. En dus moet het roer om, vindt hoogleraar Marten Smidt, een van de initiatiefnemers van het landelijke Holomicrobioom-initiatief. Met een reservering van 200 miljoen euro uit het Nationaal Groeifonds kan dat project nu daadwerkelijk van start gaan.
‘We hebben gewoon al die jaren dit gedaan,’ zegt hoogleraar molecular neuroscience Marten Smidt, terwijl hij zijn handen voor zijn ogen slaat: ‘Lalalalala.’ We gebruiken volop antibiotica en pesticiden die bacteriën en andere micro-organismen doden, legt de hoogleraar uit. En dat terwijl we nog onvoldoende begrijpen wat die micro-organismen precies doen in mensen, planten en het bodemleven.
Ondertussen worden de gevolgen wel steeds duidelijker: de grond verarmt, het grondwater vervuilt en het aantal darmaandoeningen en obesitas is de afgelopen jaren sterk toegenomen.
Daarom moet het roer om, aldus Smidt. Er moet meer kennis komen over het microbioom: de gemeenschap van miljarden samenwerkende micro-organismen, zoals bacteriën, schimmels en virussen die overal aanwezig zijn: in de grond, in het water, in planten, in je darmen en ga zo maar door.
Eilandjes
De afgelopen jaren bleef het onderzoek vaak geconcentreerd op één eilandje zoals het darmmicrobioom. Maar volgens Smidt moet er één overkoepelend onderzoek komen voor alle microbiomen. ‘Je kunt microbiomen eigenlijk niet isoleren, je moet het als geheel zien. Een dier produceert mest, mest komt op het land, daar groeien planten die het dier weer eet. Zo staat alles met elkaar in verbinding.’
Voor dat project – het holomicrobioom – heeft het Nationaal Groeifonds onlangs 200 miljoen euro gereserveerd. De komende tien jaar zal de UvA, samen met tien Nederlandse universiteiten, zes medische onderzoeksinstituten en tal van andere onderzoeksinstituten en bedrijven onderzoek gaan doen naar alle microbiomen samen.
De onderzoekers werken aan een enorm mathematisch model om te begrijpen hoe de bacteriën, schimmels en virussen samenwerken. Smidt: ‘Eerder is er vooral gekeken welke bacteriën aanwezig zijn in een microbioom, maar het is veel interessanter om te weten wat de bacteriën doen. Uiteindelijk willen we namelijk weten hoe een microbioom functioneert. Dat soort vertaalslagen moeten we gaan maken.’
Koeiendarmen
Met die kennis kunnen heel wat problemen opgelost worden, zegt Smidt. Kennis over hoe het microbioom werkt in koeiendarmen kan namelijk inzicht geven in voeding die methaan- en stikstofuitstoot omlaag kan brengen.
Ook kunnen er alternatieven gebruikt worden voor antibiotica. ‘Met antibiotica maak je álle bacteriën kapot, terwijl er vaak maar één bacterie de boosdoener is.’ Als alternatief zouden bacteriofagen gebruikt kunnen worden, stelt Smidt voor. Bacteriofagen zijn virussen die heel specifiek één bacterie kunnen doden. ‘Bedrijven in Amerika produceren al bacteriofagen, in Nederland moet dat ook gaan gebeuren.’ Ook in de landbouw zouden bacteriofagen gebruikt kunnen worden in plaats van pesticiden om ziekteverwekkers specifiek te bestrijden.
Andere manier van denken
Zo moet de hele chemische aanpak van de landbouw uiteindelijk overgaan naar een natuurlijke aanpak. En dat vraagt om een andere manier van denken. ‘De meeste mensen groeien op met het idee dat je een bacterie juist dood moet maken. Trust me – dat wil je echt niet.’
‘Sowieso is het woord “pathogeen” – een ander woord voor “ziekteverwekker” – eigenlijk vreemd,’ vervolgt Smidt. ‘Wat wij een ziekteverwekker noemen is in feite een bacterie de boventoon voert omdat hij niet voldoende concurrentie heeft van andere soorten bacteriën. Je zou ook juist méér bacteriën kunnen toevoegen om het microbioom weer in balans te brengen.’
En zo kan Smidt nog wel even doorgaan. ‘Nee, het microbioom is geen heilige graal voor alles, maar het is wel belangrijk dat mensen zich bewust zijn van het feit dat we onderdeel zijn van een groter geheel, waarbij microben essentieel zijn. Daar moeten we nog wel een slag in maken.’
En dat betekent ook meer onbewerkte producten eten, zoals fruit en bladgroenten en fermentatieproducten zoals yoghurt en kwark. ‘Die zitten namelijk ramvol bacteriën,’ zegt Smidt. En die zijn nodig om het microbioom divers en in balans te houden om darmaandoening te voorkomen. ‘Ieder mens heeft zo’n 1,5 kilogram bacteriën in zijn darmen die nodig is om je voedsel te kunnen verteren. Daar word je niet mee geboren, maar moet je mee in aanraking komen.’
